Dua tahun setelah peristiwa perang dunia ninja keempat, bulan yang diciptakan Hagoromo Otsutsuki dahulu kala untuk menyegel patung Gedo mulai turun ke dunia, mengancam akan menjadi meteor yang akan menghancurkan segalanya jika terkena dampaknya. Di tengah krisis ini, keturunan langsung Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki mencoba menculik Hinata Hyuga tetapi akhirnya menculik adik perempuannya, Hanabi. Naruto dan sekutunya sekarang melakukan misi penyelamatan sebelum menemukan diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib segalanya.