Ketika hiu mega lainnya kembali dari kedalaman laut, militer dunia bersiaga tinggi. Lalu lintas laut macet total karena semua orang hidup dalam ketakutan terhadap binatang buas itu. Kehabisan pilihan, pemerintah AS meluncurkan proyek hiu mecha rahasia – hiu mekanik yang dibuat agar memiliki karakteristik yang sama persis dengan mega. Sepasang ilmuwan mengemudikan makhluk mekanik itu saat mereka melawan mega dalam pertempuran sengit untuk menyelamatkan planet. Namun ketika mekanik yang rusak menyebabkan mecha itu mengejar manusia, para ilmuwan itu harus membimbing mega ke mecha dengan harapan kedua raksasa itu akan saling membunuh – atau menghadapi kehancuran dunia yang tak terhitung jumlahnya.