Takamachi Nanoha adalah siswa kelas tiga biasa yang merasa sedikit tidak berguna dan tidak pada tempatnya tanpa tujuan. Kemudian suatu hari, dia menyelamatkan seekor musang, yang ternyata adalah penyihir dari planet lain yang datang ke planet ini untuk mencari benih permata. Nanoha setuju untuk membantu, tetapi tugas ini menjadi rumit ketika gadis lain datang untuk mencurinya.