Setelah serangan Godzilla sebelumnya, perlombaan senjata mini pun terjadi untuk mengumpulkan sel-selnya. Khawatir atas kemungkinan kembalinya Godzilla, pemerintah Jepang menggunakan sel-sel tersebut untuk menciptakan senjata biologis baru, Aneb (bakteri anti-energi nuklir). Mereka mencari bantuan ahli genetika Genshiro Shiragami, yang eksperimennya menghasilkan mutasi baru.