Godzilla telah menjadi kenangan yang jauh bagi Jepang ketika penghancuran kapal selam AS menimbulkan kekhawatiran bagi Laksamana Tachibana. Putrinya yang terasing, Yuri, menyelidiki legenda monster pelindung, yang harus bangkit untuk melindungi Jepang melawan roh-roh pendendam dalam Godzilla yang berusaha menghancurkan negara dan rakyatnya atas penderitaan yang mereka timbulkan dalam konflik Pasifik.