Mengikuti usaha heroik dari agensi kripto-zoologi, Monarch, saat para anggotanya berhadapan dengan segerombolan monster seukuran dewa, termasuk Godzilla yang perkasa, yang berhadapan dengan Mothra, Rodan, dan musuh bebuyutannya, Raja Ghidorah yang berkepala tiga. Ketika spesies super kuno ini, yang dianggap sebagai mitos belaka, bangkit kembali, mereka semua bersaing untuk mendapatkan supremasi, sehingga eksistensi manusia berada di ujung tanduk.