Berlatar tahun 2000, ketika tingkat kecelakaan kerja mulai meningkat di sekitar Teluk Tokyo, detektif polisi Kusumi dan Hata ditugaskan untuk menyelidiki. Apa yang mereka temukan mengarah pada serangkaian upaya menutup-nutupi oleh pemerintah, konspirasi mengenai senjata biologis baru yang diberi nama WXIII-Wasted Thirteen, dan hubungan pribadi yang tragis dengan Hata. Satu-satunya harapan untuk menghentikan ancaman ini adalah bekerja sama dengan militer dan memimpin WXIII ke dalam pertarungan dengan para pekerja dari Divisi Kendaraan Khusus 2.