Kisah Ultraman dibuka dengan visi apokaliptik yang dahsyat dari Tokyo, gedung-gedung hancur dan kota tampak hampa. Kita segera diperkenalkan pada Earth Defense Force (EDF), Tim U (diperankan oleh anggota grup idola wanita AKB48). Mereka dan sekelompok anak kecil serta orang-orang terakhir yang selamat di planet Bumi setelah dunia diserbu oleh alien jahat kelelawar, sementara sisa populasi manusia telah diculik.