Serial ini berfokus pada petualangan Arata Kasuga, seorang siswa SMA, yang menjadi incaran Lilith, seorang guru di sekolah mistis. Diberi tiga pilihan dalam upaya membantu menyelamatkan fenomena kehancuran dunia oleh kekuatan jahat dan saat berupaya memecahkan misteri sepupu tercinta sekaligus teman masa kecilnya, Hijiri, yang menghilang ke angkasa luar.