Enam tahun setelah peristiwa akhir seri X-Files, mantan agen FBI, Dokter Dana Scully, kini menjadi dokter staf di Our Lady of Sorrows, sebuah rumah sakit Katolik, dan merawat seorang anak laki-laki bernama Christian yang mengidap penyakit Sandhoff, sebuah kondisi otak terminal. Agen FBI Drummy datang untuk meminta bantuan Scully dalam menemukan Fox Mulder, mantan kepala divisi X-Files yang buron, dan mengatakan mereka akan menghentikan perburuannya jika dia mau membantu menyelidiki hilangnya beberapa wanita, termasuk agen FBI muda Monica Banan. Mulder dan Scully dipanggil kembali bertugas oleh FBI ketika seorang mantan pendeta mengaku menerima penglihatan psikis yang berkaitan dengan agen yang diculik.