Sersan Keroro dan keempat bawahannya datang dari planet Keron ke Bumi untuk menaklukkan. Namun, tanpa pemberitahuan, mereka mulai menikmati kehidupan di Bumi. Keroro seharusnya tinggal bersama Hitana untuk mendapatkan kesempatan menaklukkan Bumi, tetapi ia malah berteman dengan putra Hinata, Fuyuki. Hari ini, seperti biasa, Keroro pergi membeli model plastik Gundam kesayangannya bersama Fuyuki. Dalam perjalanan pulang, mereka menemukan kuil kecil, dan masuk. Di sana, mereka menemukan vas, dan memecahkannya. Sejak hari berikutnya, hal-hal aneh terjadi di seluruh kota dan orang-orang menjadi panik. Di dalam vas, Kiruru, senjata pamungkas kuno Keron disegel. Saat itu, Mirara yang memegang rahasia Kiruru muncul dan memberi tahu mereka tentang satu-satunya metode untuk menyelamatkan Bumi. Namun…