Setelah berpisah, Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne, dan Fred bersatu kembali untuk menyelidiki hantu Moonscar si bajak laut di pulau rawa yang angker, tetapi ternyata arwah si petualang bukanlah satu-satunya karakter menyeramkan di pulau itu. Para detektif juga bertemu dengan makhluk kucing dan zombie… dan sepertinya untuk pertama kalinya dalam hidup mereka, hantu-hantu ini benar-benar nyata.