Para prajurit yang disebut “Saints” adalah para juara harapan yang selalu muncul sejak zaman mitos setiap kali kejahatan mengancam dunia. Dalam cerita masa kini ini, bertahun-tahun sejak “perang suci” yang telah lama terjadi, kita menemukan Saori Kido, seorang gadis yang terganggu oleh kekuatan misteriusnya. Dia diselamatkan oleh seorang anak laki-laki, Seiya “Bronze Saint” dari serangan tiba-tiba oleh seorang pembunuh. Melalui kecelakaan itu, Saori menyadari takdir dan misinya dan memutuskan untuk pergi ke “Sanctuary” bersama Seiya dan kelompoknya yang terdiri dari Bronze Saints. Di Sanctuary, mereka menghadapi “Paus” dan melakukan pertempuran putus asa melawan Saint terhebat, “Gold Saints”.