Meskipun usianya baru enam belas tahun dan terlihat lebih muda, Misao Makimachi sudah menjadi anggota klan ninja Oniwabanshu yang terampil dan kompeten. Itulah keberuntungan bagi Misao, karena bakat Onimitsu-nya mungkin satu-satunya yang membuatnya tetap hidup ketika perjalanan mencari pemimpin klan, Aoshi Shinomori, malah membawanya ke pertemuan langsung dengan pria yang lebih berbahaya dan rencana untuk menggulingkan pemerintahan Meiji! Dengan cepat terlibat dalam urusan pembunuh legendaris Hitokiri Battosai, yang sekarang dikenal sebagai Kenshin Himura, pemegang pedang bermata terbalik, Misao mendapati dirinya ditarik ke tengah-tengah intrik mematikan melawan Makoto Shishio, yang mengatur penaklukan seluruh Jepang – dimulai dengan Kyoto!