Agen J dan K kembali…ke masa lalu. J telah melihat beberapa hal yang tidak dapat dijelaskan dalam 15 tahun bersama Men in Black, tetapi tidak ada, bahkan alien, yang membuatnya lebih bingung daripada partnernya yang masam dan pendiam. Namun, ketika kehidupan K dan nasib planet dipertaruhkan, Agen J harus kembali ke masa lalu untuk memperbaiki keadaan. J menemukan bahwa ada rahasia di alam semesta yang tidak pernah diceritakan K kepadanya – rahasia yang akan terungkap saat ia bekerja sama dengan agen muda K untuk menyelamatkan partnernya, agensi, dan masa depan umat manusia.