Shiro Emiya adalah seorang magus muda yang bersekolah di akademi Homurahara di kota Fuyuki. Suatu hari setelah membersihkan dojo panahan di sekolahnya, ia melihat sekilas pertarungan antara makhluk super, dan ia pun terlibat dalam perang Holy Grail, sebuah ritual di mana para magus yang disebut master bertarung satu sama lain dengan para pelayan mereka untuk memenangkan Holy Grail. Shiro bergabung dalam pertempuran untuk menghentikan seorang penjahat yang ingin memenangkan Holy Grail dan menyelamatkan orang-orang yang tidak bersalah, tetapi semuanya menjadi kacau ketika “bayangan” misterius mulai membunuh orang-orang di Fuyuki tanpa pandang bulu…