Film ini berpusat pada Asuna, seorang gadis muda yang menghabiskan hari-harinya menyendiri dengan mendengarkan musik misterius yang berasal dari radio kristal yang ia terima dari mendiang ayahnya sebagai kenang-kenangan. Suatu hari saat berjalan pulang, ia diserang oleh monster menakutkan dan menyelamatkan anak laki-laki misterius bernama Shun. Namun, Shun menghilang dan Asuna memulai perjalanan petualangan ke tanah Agartha bersama gurunya, Tuan Morisaki untuk bertemu Shun lagi. Melalui perjalanannya, ia mengetahui kekejaman dan keindahan dunia, serta kehilangan.