Awak kapal arkeolog dan penjelajah paling berkualifikasi di dunia dipimpin oleh sejarawan Milo Thatch saat mereka menaiki kapal selam luar biasa sepanjang 1.000 kaki Ulysses dan menyelami misteri laut. Ekspedisi bawah laut tersebut berubah arah tak terduga saat misi tim harus beralih dari menjelajahi Atlantis menjadi melindunginya.