Direkrut oleh pemerintah AS untuk menjadi agen khusus, remaja kutu buku Cody Banks harus lebih dekat dengan teman sekelasnya yang imut Natalie untuk mengetahui tentang rencana jahat yang disusun oleh ayahnya. Namun terlepas dari persona agen tersebut, Cody berjuang melawan kecemasan remaja.