Pada suatu hari, Toma Kamijo dan Index melihat lift luar angkasa di Kota Akademi, Endymion di kejauhan, mereka bertemu dengan seorang gadis level 0 dengan suara nyanyian yang memukau, Arisa Meigo. Saat mereka bertiga menikmati waktu bersama sepulang sekolah, pengguna sihir Stiyl Magnus tiba-tiba menyerang mereka. Targetnya: Arisa. Toma bertanya-tanya mengapa seorang gadis dari pihak sains menjadi target seseorang dari pihak sihir. Di tengah kekacauan serangan Stiyl, dia memberi tahu Toma, Index, dan Arisa bahwa dia mungkin akan menyebabkan perang antara pihak sihir dan pihak sains.